Hotellet består av en gård med sju fastigheter som uppfördes 1769 som stadens Södra Stadstullgård med tullkammare och bostad åt en tullmästare vid namn Bruzin. Stadsgränsen till Gränna gick vid bäcken i Södra Parken strax utanför hotellet och passerande knallar och köpmän som ville sälja varor på Gränna torg fick hos Bruzin först erlägga tullavgift för att få tillträde till byns kommers. Idag fungerar tullkammaren som hotellets matsal.

​

1857, närmare ett sekel efter det att husen byggdes flyttade Amalia, polkagrisens moder och kvinnan som senare också kom att ge hotellet sitt namn in i husen. Hennes livshistoria ska vi dock berätta mer om längre ner.

​

Ytterligare ett och ett halvt sekel senare år 2001 köper Marianne och Bengt Larsson gården för att göra den till sin privatbostad. Med sina 40 år i hotellbranschen där de tillsammans grundat, byggt upp och sålt verksamheter insåg de gårdens inackorderingspotential. De fann den historiska betydelsen, inte bara fastigheterna utan också av de profiler som bott i husen var fascinerande och ville dela med sig av den. Planen blev ett mindre personligt hotell med huvudfokus på B&B.

Husen på gården var alla K-märkta och bara tre av sju beboeliga och även dem i relativt dåligt skick. Övriga hus fungerade som vedbodar och förråd. De ägnade därför närmare två år, i nära samarbete med Länsmuseét, att varsamt restaurera och återställa husen till sin forna glans. Hotel Amalias Hus hade antagit sin första skepnad och med sina sex dubbelrum tog det emot sina första gäster i augusti 2003.

​

2011 tog parets dotter Caroline tillsammans med sin man Per över driften och tillsammans satsade de hårt på att vidareutveckla hotellet. Det hade fram tills 2011 varit en säsongsberoende verksamhet där beläggning och besöksmängd varit starkt kopplat till turistsäsongen i Gränna. Målet var att bli ett åretrunt-hotell som var oberoende av sommarmånaderna och där gästerna sökte sig till Gränna för att primärt besöka Hotel Amalias Hus som den huvudsakliga destinationen.  För att lyckas identifierade paret de delar av hotellets erbjudande som krävde utveckling: att avsevärt höja kvalitén på rum vad gäller bekvämlighet och dess attiraljer, att utveckla köket och matsalen och att bygga upp en konferensverksamhet. Deras ledljus har varit att skapa ett hotell de själva vill bo på. Det är och fortsätter att vara en bra måttstock för såväl för de minsta som de större besluten. 

Hotel Amalias Hus är idag ett fyrstjärnigt boutiquehotell med 20 rum och sviter som tilldelats flera titlar av prestigefyllda internationella branschorganisationer och rankas idag som ett av de bästa 50 hotellen i Sverige av välansedda White Guide, har 2019 tilldelats pris för Historic Luxury Boutique Hotel of Sweden av internationella Luxury Travel Guide och rankades 2018 som ett av de fem bästa boutiquehotellen i Sverige på Tripadvisor.